インボイス2割特例が2026年9月終了！フリーランスが今すぐ確認すべき3つのこと

インボイス登録をしたフリーランス・個人事業主にとって強力な味方だった「消費税2割特例」が、2026年9月30日をもって終了します。

終了後は新たに「3割特例」が始まりますが、何も手続きしなければ自動的に適用されるわけではありません。知らずに本来の納税方式（本則課税）に戻ってしまい、消費税の負担が一気に増える方が出てきそうです。

期限まで残り約5ヶ月。今のうちに状況を整理して、必要な手続きを確認しておきましょう。

2割特例とは？　改めておさらい

2023年10月のインボイス制度開始にあわせて設けられた「2割特例」は、インボイス登録を機に課税事業者になった個人事業主・フリーランスを対象にした負担軽減措置です。

通常、消費税の納税額は「売上に含まれる消費税 − 仕入れなどに支払った消費税」で計算します（本則課税）。ところが2割特例を使えば、この計算式を無視して「売上に含まれる消費税の2割だけ納税すればOK」というシンプルな仕組みです。

たとえば年間売上1,100万円（うち消費税100万円）のフリーランスの場合、

• 本則課税：仕入れ・経費の消費税を差し引いた額（計算が複雑）
• 2割特例：100万円 × 20%＝20万円の納税で完結

帳簿管理もシンプルで、多くのフリーランスにとって「インボイス登録のハードルを下げた」大きな制度でした。

なぜ2026年9月で終わるの？

2割特例はもともと「インボイス登録したての事業者への激変緩和措置」として設計されました。当初は2023年10月〜2026年9月末（3年間）の時限措置という位置づけです。

2025年12月の税制改正大綱で「延長なし」が確定し、2026年9月30日で完全に終了することが決まりました。

つまり2026年10月1日以降は、何もしなければ原則どおりの「本則課税」に戻ります。仕入税額控除の計算が必要になり、場合によっては税理士への相談コストも発生します。

2026年10月から始まる「3割特例」とは

2割特例の終了後も、激変緩和として「3割特例」が2年間（2026年10月〜2028年9月末）延長されることが決まっています。

ただし、適用には条件があります。

• 対象：個人事業主のみ（法人は対象外）
• 売上規模：基準期間（前々年）の課税売上高が1,000万円以下
• 届出：別途の届出は不要（課税事業者であれば選択可能）

3割特例を使えば、売上消費税の30%だけ納めればOKです。2割特例より負担は増えますが、本則課税と比べると依然として有利なケースが多いです。

免税事業者のままでいる場合のリスク

インボイス未登録のまま「免税事業者」を選んでいる方も注意が必要です。取引先（課税事業者）が仕入税額控除できる割合が段階的に縮小されていくからです。

取引先にとって「免税事業者への発注コストが実質的に上がる」ということ。2026年10月の変更を機に、取引先から「インボイス登録してほしい」「消費税分を値引きしてほしい」と求められるケースが増える可能性があります。

今すぐやるべき3つのアクション

アクション① 自分の「課税方式」を今すぐ確認する

現在2割特例を使っている方は、2026年10月以降の課税方式を今のうちに選んでおく必要があります。主な選択肢は3つです。

• 3割特例を使う（個人事業主・売上1,000万円以下）：届出不要、自動的に選択可能。最もシンプル。
• 簡易課税に切り替える：業種ごとのみなし仕入率で計算。フリーランス（サービス業・第5種）は50%が多い。安定して計算できるが、3割特例より納税額が増える場合も。
• 本則課税に戻る：仕入れ・経費の消費税が多い事業者は有利になることも。ただし帳簿管理が複雑。

アクション② 簡易課税の届出期限を把握する

簡易課税制度を2027年（令和9年）から適用したい個人事業主は、2026年12月31日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を所轄の税務署に提出する必要があります。

提出先は国税庁の「e-Tax」でも可能。提出後は原則2年間は変更できないため、事前に試算しておくことをおすすめします。

なお、2026年10月〜12月の間は3割特例と簡易課税を比較して選べます。3割特例の方が有利なうちは3割特例を使い、届出期限までに来年以降の方針を固める、という進め方もOKです。

アクション③ 取引先への影響を事前に確認する

免税事業者のままでいる方は、主要取引先が仕入税額控除の割合変更をどう扱うかを確認しておきましょう。

2026年10月に控除割合が80%→70%に下がると、取引先の実質的な税負担が増します。業種や取引先の規模によっては、再交渉を求められるリスクがあります。

また、インボイス登録を検討している免税事業者の方は、登録から2割特例・3割特例の適用までのタイミングにも注意が必要です。詳しくは税務署か税理士に相談することをおすすめします。

まとめ：2026年の消費税、フリーランスが押さえる2つの日付

• 2026年9月30日：2割特例が終了。10月から3割特例へ移行（個人事業主・売上1,000万円以下は届出不要）
• 2026年12月31日：2027年から簡易課税を適用したい個人事業主の届出デッドライン

インボイス制度は始まってから変更が続いており、「まだ先の話」と思っているうちに手続き期限を逃してしまうケースが多いです。自分の売上規模・業種・取引先の状況を踏まえて、今のうちに方針を決めておきましょう。

迷う場合は税務署の無料相談や、税理士への早めの相談をおすすめします。

※本記事は2026年4月時点の情報をもとに作成しています。税制は改正される場合があります。最新情報は国税庁ウェブサイトまたは税理士にご確認ください。

ここまで読んでくれて、ありがとうございます。ふだん何を考えているかは、note に書いています。

よこまる

公認会計士・税理士。IPO準備企業で、経営に近い場所にいます。仕事は数字を扱うことですが、いちばん興味があるのは「人がどう働いて、どう暮らすか」。お金・税務・AI・キャリア、そして日々のことを、一般論として、自分の頭で考えた分だけ書いています。ここに書いているのは、個人としての見解です。